Okulumuz mevcut kullanılmakta olan hükümet binasında (eski) 1994-1995 eğitim-öğretim yılında (23.02.1994 tarih ve 1331 sayılı M.E.B. oluru ile) Gemi Makineleri ve Güverte Bölümleri olmak üzere Fatsa Denizcilik Meslek Lisesi adı altında, yaklaşık 7 dönüm alan üzerinde hizmete açıldı.
 

Bir yıl Fatsa Denizcilik Meslek Lisesi adı altında eğitim-öğretim faaliyetini sürdürdükten sonra 1995-1996 yılından itibaren (02.05.1999 tarih ve 980 sayılı M.E.B. oluru ile) Fatsa Anadolu Denizcilik Meslek Lisesine dönüştürülmüştür. Ordu Valiliğinin (21.04.1999 tarih ve 005072 sayılı oluru ile) okulumuzun adı Fatsa Atatürk Anadolu Denizcilik Meslek Lisesi olarak değiştirilmiştir. Okulumuzun eğitim-öğretim süresi bir yıl hazırlık sınıfı olmak üzere toplam 4(dört) yıldır. Yabancı dili İngilizcedir.
 

Ülkemizin I.M.O. (International Maritime Organization-Uluslararası Denizcilik Organizasyonu) üyesi olması nedeniyle; öğretim programlarımız STCW 95 sözleşmesine ve IMO standartlarına göre geliştirilmiş olup  M.E.B. Talim ve Terbiye Kurulu Başkanlığını 26.06.1996 tarih ve 222 sayılı Kararı ile 1996-1997 eğitim-öğretim yılından itibaren uygulamaya konulmuştur.